한편 최근 지방자치단체는 반려인이 칩을 내장해 동물 등록을 할 경우 지원금을 주는 사업을 진행하고 있다. 내장형 동물 등록은 쌀알 크기의 무선식별장치(마이크로칩)를 동물의 어깨뼈 사이 피부 속에 삽입하는 방식이다.

내장형 동물 등록은 몸밖에 무선식별장치를 다는 외장형 방식에 비해 상대적으로 훼손이나 분실 등의 위험이 적어 반려견을 찾는 데 효과적이다.